学校自2004年起与其他高校联合培养硕士研究生，2011年起与四川师范大学联合招收硕士研究生，2016年列为四川省新增硕士学位授予立项建设单位，2020年学校进入四川省新增硕士学位授予单位建设综合支持计划“优先培育”类名单，2024年获批硕士学位授予单位，首批获得教育、农业2个专业硕士学位授予点，教育招收教育管理、学科教学（数学）2个专业，农业招收渔业发展专业，3个专业培养方式为全日制，于2025年开始正式招生。

学校坚持以生为本，为研究生人才培养提供了坚实保障。一是制定了完善的研究生管理培养制度，为研究生教育保驾护航；二是为激励学生勤奋学习，努力钻研，为来校研究生解决校内住宿问题，并减免住宿费；三是设置了完善的奖、助、贷、勤、免体系，校内各项资助政策优厚，既有传统的各类奖学金，也特设了科研创新计划项目，给予资金支持引导学生科学研究；四是学校图书文献、网络平台、文体设施、后勤服务等全方位服务研究生教育。

近年来，学校通过联合培养积累了丰富的研究生培养经验，学校现有西南大学、电子科技大学、四川农业大学、长江大学、四川师范大学、重庆师范大学、西华师范大学、中国科学院水生生物研究所等近30所高校及科研院所硕士生导师近100人，联合培养或指导硕士研究生200余名，毕业生就业率100%。毕业生主要就业于政府部门、企事业单位、高校、城区中学等。未来，学校将站在新的起点持续推进学科建设，不断完善建立专业学位研究生招生、培养、质量监控体系，促使人才培养能力持续提升，为区域发展和国家战略需求培养更多人才力量。