2004年起与其他高校联合培养硕士研究生,2011年起与四川师范大学联合招收硕士研究生。近年来,学校有西南大学、电子科技大学、四川农业大学、长江大学、四川师范大学、重庆师范大学、西华师范大学、中国科学院水生生物研究所等近30所高校及科研院所硕士生导师近100人,其中,教授75人,拥有博士学位52人。主要招生专业和领域涵盖教育学原理、学科教学、数学、水产养殖、水生生物学、化学等。截至2023年12月,联合培养或指导硕士研究生200余名,毕业生就业率100%。毕业生主要就业于政府部门、企事业单位、高校、城区中学等。
学校坚持以生为本,为研究生人才培养提供了坚实保障。学校制定了完善的研究生管理制度,为激励学生勤奋学习,努力钻研,为来校研究生解决校内住宿问题,并减免住宿费。同时,学校设置了完善的奖、助、贷、勤、免体系,资助研究生顺利完成学业。学校图书文献、网络平台、文体设施、后勤服务等全方位服务研究生教育。研究生联合培养工作不仅培养了优秀人才,锻炼了导师队伍,积累了研究生培养经验,更为我校硕士研究生培养单位的申报工作奠定了坚实基础。